Die immun-Angriff durch Lymphozyten in einem Spender Knochenmark oder Blutkörperchen Aussetzung (das Transplantat) gegen das Gewebe des Empfängers (Host). Die Immunzellen, die am meisten beschäftigt in dieser Reaktion sind Spender T-Lymphozyten, die in Blut oder Knochenmark, die Quelle der Stammzellen des Spenders vorhanden sind. Die wichtigsten Sites der Verletzung sind die Haut, die Leber und den Magen-Darm-Trakt. Die Reaktion tritt nicht bei eineiigen Zwillingen Transplantationen. Die Reaktion möglicherweise minimal in eng abgestimmte Einzelpersonen oder schwere bei weniger gut ausgeglichenen Menschen. Diese Reaktionen werden teilweise durch Antigene, die nicht in den wichtigsten HLA-System und können nicht angepasst werden, vor der Transplantation vermittelt. Z. B. bei einem weiblichen Stammzell-Spender und einen männlichen Empfänger, Faktoren, die durch Gene auf den männlichen Empfänger y-Chromosom hergestellt werden zu sehen sein so fremd von den weiblichen Spender-Zellen, die nicht die Gene auf dem Chromosom Y teilen. Diese Tatsache verbietet nicht, weibliche Spender und Empfänger sich männlich, aber es macht das Risiko einer Immunreaktion höher.