Eine kleine Glasoberfläche, die ein Array von DNA wurde behoben-Fragmente, jeweils mit einer definierten Position. A-typischen DNA-Chip würde 10 000 diskrete Flecken (jedes mit eine unterschiedliche DNA-Fragment) auf einer Fläche von wenigen Quadratzentimetern enthalten. Wenn eine Lösung von fluorescently beschriftete DNA-Fragmente ist der Chip hybridisiert, Spots, die auf die Hybridisierung tritt als Fluoreszenz sichtbar sind. Wenn die Flecken auf dem Chip Gene sind (ausgedrückt Sequenz Markierungen, q.v.), Hybridisierung mit cDNA von einem bestimmten Gewebe zeigt, welche Gene in diesem Gewebe ausgedrückt werden. Wenn die Spots kurz, synthetisierte Oligonukleotide (ungefähr 25 Basen) entspricht den Teil eines Gens, enthält eine Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNP)(q.v.), mit einem separaten Spot für jede der 4 möglichen Basen an diesem Standort, Hybridisierung mit genomischer DNA aus einer einzelnen Pflanze oder Tier ermöglicht, dass auf so viele genotypisierten werden einzelne SNP Loci als auf dem Chip vertreten sind. Der große Vorteil von DNA-Chips ist der Umfang, zu dem der Prozess der Genotypisierung automatisiert werden kann, und ermöglicht dadurch die enorme Zahl von Pflanzen oder Tieren für eine Vielzahl von Loci genotypisierten sein.